Vegna sögulegs og menningarlegs gildis þorpsins ákvað Reykhólahreppur að það yrði verndarsvæði í byggð. Mennta- og menninngarráðherra staðfesti þetta með viðhöfn um helgina. Við hjá Alta óskum Reykhólahreppi til hamingju með áfangann en við aðstoðuðum við gerð verndartillögu, samráð og kynningar.
Þjóðminjavörður tók einnig í sömu athögn við hinni merku Bókhlöðu í Flatey frá 1864, sem hýsti bókasafn Framfarastofnunar Flateyjar.
Flatey á Breiðafirði er einstakt svæði á Íslandi vegna sérstæðrar náttúru, menningarminja og landslagsheildar. Eyjan er einnig hluti af verndarsvæði Breiðafjarðar. Sjálft þorpið í Flatey er mikið menningarverðmæti hvort heldur sem litið er til einstakra húsa, umhverfis þeirra, samstæðu húsa eða þorpsins sem heildar. Sérstaða þorpsins er talin slík að minnstu inngrip eða breytingar á húsum geti haft veruleg áhrif á svipmót byggðarinnar. Auk þess sem byggingararfurinn hefur verndargildi er saga byggðar í eyjunni merkileg. Hvorutveggja er mikilvægt á landsvísu.